黑暗护身符任务是游戏中的重要隐藏剧情之一。玩家需要先完成社区中心献祭任务或Joja超市路线，随后在罗宾家上方的铁路区域触发剧情。获得黑暗护身符后，可进入巫婆沼泽的洞口，这里最初被石头阻挡。进入后需向巫婆的仆从提交虚空蛋黄酱才能通过，最终解锁魔法建筑和法师地下室的传送功能。
秘密纸条系统是触发隐藏剧情的关键。玩家在冬季获得放大镜后，可通过击败敌人或挖掘矿物获取这些纸条。其中第23号纸条提示玩家在早上6点至晚上7点间前往秘密森林，将枫糖浆交给熊后获得熊的智慧奖励。另一张纸条则指向三个隐藏雕像的获取方式：将大海参放入铁匠铺北部栅栏内的箱子、鸭蛋黄酱放入酒吧后屋的紫色桶中、奇怪的小面包放入文森特房间的玩具箱。
在英文版界面连续点击标题中的E字母10次，会出现外星人开门的动画；而在冬季第25天的结算界面顶部可能随机出现驾着麋鹿车的圣诞老人。玩家在创建角色时若将兴趣栏填写为ConcernedApe，食用星之果实后会出现特殊文本提示。
星空节隐藏活动是游戏中最复杂的剧情之一。该活动仅在春季第25天晚上8点至12点间触发，要求玩家携带银质以上鱼竿并完成前置任务。在镇长家附近观察流星划过后，可在坠落点钓取稀有鱼类星空鱼，将其交给镇长可获得星空项链奖励。这个剧情充分展现了游戏将天文元素与玩法结合的巧妙设计。刘易斯的幸运紫色短裤可以放入夏威夷宴会的汤中引发特殊对话；而在第三年春天，玩家连续睡觉三年会触发爷爷灵魂回归的剧情。
