黑塔空间站的宝箱主要分布在基座舱段、收容舱段和支援舱段三个区域，总计46个宝箱。基座舱段共有10个宝箱，可获取150个黑塔币，其中部分宝箱需要击败怪物或完成解谜才能开启。收容舱段分为两层，一层有7个宝箱，二层有8个宝箱，合计16个宝箱，可获取250个黑塔币，部分宝箱需要通过解谜或战斗解锁。支援舱段共有13个宝箱，可获取200个黑塔币，其中部分宝箱需要完成特定任务如触不可及和人非草木系列任务后才能开启。
基座舱段的宝箱位置较为集中，1号和2号宝箱位于楼梯旁，3号宝箱在二楼房间内，5号和6号宝箱需要完成任务才能获取。7号宝箱需完成三重权限任务，9号宝箱位于地图最下方。收容舱段一层的宝箱有两个位于地图中间圆盘上，其余集中在左侧房间；二层宝箱分布在地图周围，绕行一圈即可发现。支援舱段的宝箱分为两层，一层两个宝箱需在触不可及任务触发后显现，二层12个宝箱中有5个需完成向导佯谬和人非草木任务。
部分宝箱需要特殊条件触发，例如基座舱段的次元扑满宝箱如果不及时击败会消失，需重新传送返回才能再次遇到。收容舱段的拍一拍宝箱需要调查巨大展示物并选择拍一拍选项，完成后会收到艾丝妲的短信奖励。支援舱段的飞天纸鹤宝箱需要调查闪光电脑屏幕，通过密码找回流程选择正确选项才能解锁。
宝箱奖励与角色等级无关，开启后获得的黑塔币和道具数量固定。黑塔币可在主控舱段的温世齐处兑换道具，建议玩家尽早收集宝箱以提升前期资源储备。探索过程中需注意地图层级切换功能，收容舱段分为三层，地图左下角可查看当前楼层，避免因楼层混淆遗漏宝箱。
