燕云十六声的监狱主要分为两处，一处是因罪恶值被抓捕入狱的清河郡临江驿巡狱，另一处是解谜探索类的开封隐雾之狱（墓雾笼罩的监狱），临江驿巡狱可通过触发罪恶值机制进入，隐雾之狱则需完成前置任务从开封隐雾林中的地缝洞窟进入。临江驿巡狱处于清河郡郊外地带，四周被高墙环绕，有严密守卫值守，玩家触发犯罪行为被神捕击败后，就会被强制送入此处，入狱后无法查看地图，屏幕左侧会显示刑期倒计时，只能在狱中限定区域活动。隐雾之狱位于开封地图的隐雾林中，需先完成开封奇遇转瞬即逝的瘟疫遭遇任务，清理雾隐林毒雾并解锁区域锚点，再传送至隐雾林中界碑，出传送点直行出洞口，连续两次左转沿坡边前行，就能找到地缝洞窟入口，与洞内接引人NPC对话，选择我不怕、直面未知的恐惧选项，触发剧情后即可进入这座地下监狱。
进入临江驿巡狱后，核心玩法围绕刑期度过与减刑展开，狱中设有工作台、任务领取区等设施，玩家可与监狱长对话领取劳作任务，通过完成搬运、清理、修补等工作来缩短刑期，也能和其他囚犯互动，获取隐藏线索或短暂的互助机会。若不想劳作，也可等待刑期倒计时结束自动出狱，或消耗通宝缴纳保释金快速离开，此外还能联系好友组队前来劫狱，潜入监狱躲避守卫、破解机关，突破防线后成功救出即可脱离监禁，劫狱时可使用隐身斗篷规避视线，搭配烟雾弹制造混乱，提升逃脱成功率。狱中还藏有少量隐藏宝箱，需在牢房角落、杂物堆中仔细搜寻，开启后能获得药品、通宝等基础奖励，同时完成累计坐牢时长的相关成就，还能解锁专属称号与道具奖励。
隐雾之狱属于高难度解谜探索副本，内部场景阴森，遍布棺材、纸人、悬吊铁笼，还有鬼新娘NPC作为场景标识，整体路径错综复杂，核心玩法以解谜、机关破解与宝箱收集为主。进入后需准备弓箭搭配火箭箭矢，用于焚烧霜花花苞清除道路遮挡、解锁隐藏通道，同时携带金玉手或摄星拿月技能，方便拾取高处、佛像手中等难抵达位置的宝箱，还要备好足量疗伤药剂，应对尖刺、落板、火焰等持续伤害机关。监狱内分多层结构，通过电梯连接各区域，第一层需沿正东方向前行至石桌房间，再左转进入通道乘坐电梯下探，下层有拱形洞穴需下蹲通过，开启首个宝箱后会触发地板碎裂掉落至下层，沿途会遇到老鼠、幽灵等小怪，需快速清理避免干扰。
深入隐雾之狱中层后，会出现多条分支通道，多数通道设有石像凸起地板、落石等机关，踩中后会触发陷阱造成伤害，需谨慎观察地面纹路避开危险区域。悬挂铁笼区域藏有多个宝箱，可借助墙壁、木板攀爬至铁笼顶部获取，部分宝箱需利用二段跳、滑翔伞等轻功技能跨越缺口才能抵达，收集过程中要反复核对路线，避免遗漏隐藏空间。监狱深处还有壁画机关，需根据匿名日记中的线索调整壁画位置，破解循环逻辑谜题才能开启最终通道，抵达终点后可开启最终宝箱，获得霜寒护腕、花瓣之忧等专属装备，以及回声翡翠、大量经验与金币奖励，完整收集全宝箱还能解锁该副本的专属探索成就。
开封区域还存在一处隐藏的开封大牢，无需触发犯罪或完成前置任务，直接来到开封监狱大门，向前冲刺突破阻拦即可进入，内部有宏伟大厅、多层牢狱结构与水牢场景，可自由探索场景细节，查看各类监狱设施与空中牢狱设计，适合喜欢探索隐藏场景的玩家。无论是临江驿巡狱还是隐雾之狱，进入前都需做好充分准备，临江驿巡狱侧重规则适应与社交互动玩法，隐雾之狱则考验解谜能力与操作技巧，两处监狱各有特色奖励与玩法机制，能为玩家带来不同的游戏体验。
